透明感のある鮮やかな赤橙色（せきとうしょく）、黄みを含んだ淡い赤橙色など醤油の色は、5つの種類によっても微妙に変わります。
これらは主に小麦から生まれるブドウ糖と、大豆のたんぱく質から作られるアミノ酸が熟成中に反応してできるメラノイジンという物質によるものです。

醤油は次の5つの味が混ざって奥深い味をかもし出します。

【甘味】
小麦のでんぷんが醸造中にブドウ糖に変化。
全体の味を柔らかくし、丸みを持たせる働きがあります。
【酸味】
乳酸菌の働きによってブドウ糖が変化し、有機酸類に。
塩味を和らげ、味を引き締めます。
【塩味】
主原料の塩分はこいくち醤油で１５～１７％。
海水の約５～６倍にあたりますが、他の成分が塩味を和らげ、深みのある味にしています。
【苦味】
苦味成分は醤油の中に数種類含まれ、コクを与える隠し味的な存在となっています。
【うま味】
たんぱく質が麹菌の酵素で分解され、約２０種類のアミノ酸に変化。
その中の主役はグルタミン酸です。たんばく質から作られるアミノ酸が熟成中に反応してできるメラノイジンという物質によるものです。

麹菌、酵母、乳酸菌などの微生物の働きにより、リンゴやバラ、バニラなど現在発見されているものだけでも約300種類の香り成分を含有しています。
特定の香りが目立つことなく、全体に調和して醤油らしい香りが生まれています。